代建制是一種由出資人委托有相應資質的項目代建人對項目的可行性研究、勘察、設計、監理、施工等全過程進行管理，并按照建設項目工期和設計要求完成建設任務，直至項目竣工驗收后交付使用人的項目建設管理模式。這種新的管理模式與傳統建設模式相比，具有明顯的優勢，但通過近年來的審計發現，基層建設項目代建制在制度和管理層面上還存在一些問題：一是建設方沒有與代建單位簽訂規范化的委托代建合同，沒有明確雙方的權利責任。二是代建方沒有對建設項目實行招投標，自己指定施工單位進行建設項目建設，并且自己采購工程用材料。三是代建方違規對建設項目進行肢解分包，并且沒有簽訂施工合同。四是有的建設項目直接由建設方肢解分包給施工方，沒有簽訂配合費給付合同，也沒有明確配合費給付比例。五是工程用材料由甲方直接采購沒有實行政府采購或進行招投標，有的是先采購，事后再補簽合同。六是重大建設項目變更如采暖由地暖改為明裝暖氣片取暖，沒有經設計部門變更設計、監理部門簽證、施工方簽證的變更。而由建設方技術人員簡單畫個草圖就進行了施工，嚴重違反了建筑法有關規定。七是相關部門沒有制定政府投資項目代建管理辦法，代建費沒有統一核算標準，任由代建方隨意確定。
針對上述問題，審計建議：一、建設主管部門要加強對建設項目建設程序履行情況的監督管理，嚴懲違規行為。二、相關部門盡快制定出臺有關政府投資建設項目代建管理辦法，明確建設項目參與各方的職責，統一代建費取費標準，進一步規范代建行為。